Loguearse:
Por consola, ingrese lo siguiente reemplazando por el usuario correspondiente:
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> ssh -X usuario@200.45.54.94
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Envío de archivos al servidor:
Ingrese lo siguiente:
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> scp archivo1 usuario@200.45.54.94:/carpeta/destino/
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Envío de archivos desde el servidor al equipo personal:
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> scp usuario@200.45.54.94:/carpeta/archivo1 /carpeta/destino/
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Nota:
Para copiar una carpeta repita el mismo paso agregando el flag "-r" luego de "scp" ("scp -r ...").
Compilar código fuente en C y Fortran:
Ya estando logueado, tipear lo siguiente:
Para gcc:
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> gcc programa.c
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Compila el programa en C programa.c, genera un archivo ejecutable a.out.
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> gcc -o programa programa.c
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Compila el programa en C programa.c, genera un archivo ejecutable programa.
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> gcc -c programa.c
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No genera el ejecutable, sino el código objeto, en el archivo programa.o. Si no se indica un nombre para el archivo objeto, usa el nombre del archivo en C y le cambia la extensión por .o.
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> gcc -c -o objeto.o programa.c
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Genera el código objeto indicando el nombre de archivo.
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Para g++:
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> g++ -o programa programa.cpp
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Compila el programa en C++ programa.c, genera un archivo ejecutable programa.
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> g++ -c programa.cpp
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Igual para un programa en C++.
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> g++ -o ~/bin/programa program.cpp
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Genera el ejecutable programa en el subdirectorio bin del directorio propio del usuario.
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> g++ -L/lib -L/usr/lib programa.cpp
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Indica dos directorios donde han de buscarse bibliotecas. La opción -L debe repetirse para cada directorio de búsqueda de bibliotecas.
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> g++ -I/usr/include programa.cpp
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Indica un directorio para buscar archivos de encabezado (de extensión .h).
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Para Fortran:
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> gfortran -o programa.exe programa.f
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Compila el programa en gfortran programa.f, genera un archivo ejecutable programa.
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Ejecutar aplicación:
El uso de los recursos de cómputo de los nodos esclavos se lleva acabo por medio del Sistema de Colas a través del administrador de recursos TORQUE. La ejecución de trabajos se lleva acabo via scripts los cuales son analizados por el sistema de colas TORQUE para poder identificar el tipo y la cantidad de recursos de cómputo que necesita el trabajo en cuestión, posteriormente se ejecutará el trabajo indicado en el script en el número de nodos solicitados.
Para que la ejecución de nuestro trabajo sea exitosa dentro del clúster es necesario indicarle al sistema de colas varias opciones de ejecución:
Nombre del trabajo. Este es el nombre que el sistema de colas mostrará al momento de consultar el estado de nuestro trabajo.
Se indica con la opción #PBS -N (NombreAplicación)
Nombre de la cola. Una cola es una agrupación lógica de características de ejecución en el clúster. Por ejemplo: se podría definir la cola "long48h6" la cual tendría por caraterística que cualquier trabajo que sea enviado a ella tenga un tiempo de ejecución máximo de 48 horas usando 6 procesadores por default (la definición de las colas, así como de sus características son llevadas a cabo por el administrador del sistema).
El nombre de la cola de ejecucion se indica con la opción #PBS -q (NombreCola)
Tiempo de ejecución. Es el tiempo en reloj de 'pared' que nuestro cálculo permanecerá en ejecución, decimos reloj de 'pared' por que dentro del sistema operativo la ejecución de un proceso también es medida por el tiempo efectivo que dicho proceso usó el procesador, a este tiempo se le denomina 'cputime'.
Se indica con la opción #PBS -l walltime=(Horas):(Minutos):(Segundos)
Número de nodos y procesadores. Es posible indicarle al sistema de colas el número nodos esclavos y de procesadores que necesitamos para nuestro trabajo. Por ejemplo, podemos indicarle que necesitamos 4 nodos usando solamente un procesador por nodo: nodos=4:proc=1, 4 nodos utilizando los 2 procesadores por nodo: nodos=4:proc=2.
Esta opción se indica: #PBS -l nodes=(NúmeroEquipos) ppn=(NúmeroDeCoresPorEquipo)
Por ejemplo #PBS -l nodes=4:ppn=2.
Standard error y standard output. Son archivos que se generan como resultado de la corrida de nuestro código en el clúster en caso de tener alguna salida a consola o en el caso de que hubiese algún error en la ejecución. Se generan indicando la opción #PBS -k eo
Directorio de destino. Es posible indicar al sistema de colas el directorio en donde se alojarán los archivos con los resultados de la ejecución. Esto se hace indicando la opción #PBS -d /home/(NombreUsuario)/scripts/
Entonces creamos un archivo de nombre script.sh y dentro del mismo se ingresa lo siguiente reemplazando los paréntesis por los datos correspondientes:
#PBS -N (NombreAplicación)
#PBS -q (NombreCola)
#PBS -l walltime=(Horas):(Minutos):(Segundos)
#PBS -l nodes=(NúmeroEquipos) ppn=(NúmeroDeCoresPorEquipo)
#PBS -k eo
#PBS -d /home/(NombreUsuario)/scripts/
./(NombreAplicación)
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De necesitar correr la aplicación con mpirun reemplace la última línea por lo que sigue a continuación:
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mpirun ./(NombreAplicación)
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Luego se sube el script a la cola de ejecución que se indique:
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> qsub -q colaZ script.sh
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Para mostrar el estado general de trabajos en el cluster:
Para mostrar los trabajos de un usuario especificado:
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> qstat -u (NombreUsuario)
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Para mostrar sólo los trabajos que están en ejecución.
Detener proceso subido a una cola de ejecución:
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